Орден и медаль Ушакова были учреждены 3 марта 1944 года, в годы Великой Отечественной войны, по предложению наркома военно-морского флота Н. Г. Кузнецова — для поощрения отличившихся моряков.
Орден имел две степени (I степень — высшая) и предназначался для офицеров за успешно проведённые операции и разгром сил противника; медаль — одна степень — присуждалась старшинам, матросам и солдатам за личную отвагу в морских боях и при охране границы.
Комиссия, определявшая иерархию наград, сочла Ушакова как флотоводца более значимым, чем адмирал Нахимов, поэтому орден его имени стал старшей флотской наградой.